《口袋妖怪终极红宝石·始源蓝宝石》的剧情设定基本基于原始的《口袋妖怪 红宝石·蓝宝石》。由于玩家的父亲千里来到了丰缘地方担任道馆训练家,玩家同自己的母亲也搬家到了丰缘地方。 玩家的口袋妖怪之旅从自木守宫、火稚鸡和水跃鱼三只初学者神奇宝贝中选择一只[3] 来救下被野生口袋妖怪围攻的小田卷博士开始。此后,玩家和口袋妖怪游历丰缘地方以完成图鉴并挑战丰缘联盟的八个道馆。旅途中,玩家邂逅了企图借助传说中的神奇宝贝改造世界的敌对势力火岩队(终极红宝石)或水舰队(始源蓝宝石)。 火岩队企图利用固拉多蒸干海洋将世界改造得更适合陆地神奇宝贝生存,而水舰队企图召唤盖欧卡降下大雨来来扩大海洋的范围使海洋中的神奇宝贝受益。在兹伏奇大吾和道馆馆主米可利的帮助下,玩家挫败了火岩队或水舰队,并收服了传说中的神奇宝贝,一劳永逸地终结了他们的计划。之后,玩家动身前往丰缘联盟,挑战了四天王和冠军大吾,并成为了新任丰缘联盟冠军。玩家也可选择参加丰缘地方众多的华丽大赛,指挥自己的神奇宝贝给观众和评委带来表演。 《口袋妖怪终极红宝石·始源蓝宝石》中引入了新的支线任务变幻篇章(エピソード デルタ)。变幻篇章的故事和丰缘地方3000年的历史有关,并会逐渐揭开超进化的谜题。背负着宿命的女性曼珠,火岩队、水箭队以及大吾,道馆训练家米可利等人展开波澜壮阔的故事。其中还会发生传说中的神奇宝贝烈空坐与代欧奇希斯的激战。