钻石珍珠中改进了时间系统。游戏内画面的明暗度会随着游戏的时间变化,出现的神奇宝贝也会依据时间的不同而不同。时间分为三个大段,分别为清晨,白天与夜晚,画面的明暗度与出现的神奇宝贝都是依据这三个时间段来区分的。
钻石珍珠版还有一个特色,就是神奇宝贝表。
从这个版本开始,使用了一个新的对战区分系统。在这个新的系统中,物理技能和特殊技能之分不再依据属性而定,而是每个技能都有各自的区分。例如,在第三世代之前,炎系、电系与水系的技能全部都为特殊攻击,格斗系的技能全部为物理攻击,但是从这个版本开始,炎系与水系都出现了自己的物理攻击技能,格斗系出现了自己的特殊攻击技能,如爆炎电击,喷射水柱,伏特攻击与波导弹,还有一些旧版技能的属性被更改了。
这个版本中,三只初学者神奇宝贝的最终进化型态都拥有两个属性,并且都能通过升级习得反克制原来克制自己的神奇宝贝的技能。如土台龟可以习得克制烈焰猴的地震,烈焰猴可以习得克制帝王拿波的近身打,帝王拿波可以习得克制土台龟的冲钻