第一章
“我想回家”
在一个遥远的地方,五只盖诺赛克特,一只红色四只紫色,在天空中飞驰。它们试图找到一个被湖泊环绕的石柱群,那是它们的故乡。同一时刻,传说中的宝可梦超梦察觉到盖诺赛克特的出现并试图接近它们。在超梦使用了它那令人难以置信的精神力量,窥视红色盖诺赛克特的内心并得知了它们的故事之后,突然受到盖诺赛克特们五重科技爆破的攻击!烟尘散去,盖诺赛克特们已经不见了踪影,但超梦意识到那些宝可梦正是三亿年前存在于这个世界上的幻之宝可梦。
与此同时,小智、天桐和艾莉丝一行到达新托克市。他们前往著名的宝可梦之丘,那是模拟生活在那里的宝可梦们各种各样的自然栖息地并据此分层次设计的自然公园。小智一行在公园里碰到了一名宝可梦之丘管理员,名叫埃里克。埃里克带领着大家来到一个花园,据说这个世界上所有种类的花都汇集于此。小智决定冲在前面,以便看到更多的东西。
小智和皮卡丘来到一个漂浮着众多独特睡莲的池塘。突然皮卡丘注意到站在旁边的一只海洋卡带的盖诺赛克特!小智走过去骑在了盖诺赛克特身上,以为这只是某种类似装饰雕像的东西。就在这时,盖诺赛克特带着小智一下子飞上了天空!在充满惊险和兴奋的环绕公园的飞行之旅之后,盖诺赛克特从高速飞行形态变身还原成普通形态降落到地面上。接着这个萌萌的宝可梦告诉小智:“我想回家…”这促使小智这位年轻的训练师许诺不管之后遭遇什么都要帮助盖诺赛克特找到自己的故乡。
突然,小智受到另外两只盖诺赛克特的攻击!红色盖诺赛克特告知善良的萌赛特它必须“抹杀所有敌人”,这触发了萌赛特体内的某种东西,使它双眼变暗而黑化。之前和小智玩耍的好朋友萌赛特竟向着小智一行发射绝招——科技爆破!当由于剧烈爆炸引起的烟尘消散之后,小智一行发现用屏障保护他们的传说中的宝可梦超梦居然现身于此。在以惯例的方式惯例的内容介绍自己之后,超梦告诉小智一行盖诺赛克特们试图回到三亿年前的故乡,但那是绝对做不到的事情,因为那个故乡已经在这个世界上永远消失了。
大家平安离去。之后,小智一行来到宝可梦中心。他们告诉乔伊小姐和埃里克刚刚碰到了盖诺赛克特和超梦。正当小智思索那只宝可梦时,埃里克告诉小智一种花叫做奥尔塔斯(オルタス/Ortus),据说奥尔塔斯是这个世界上最古老的花。小智回忆起遇见盖诺赛克特之前看到的睡莲。
回到宝可梦之丘,盖诺赛克特开始驱逐生活在这里的宝可梦们,而之前和小智的宝可梦伙伴成为好朋友的勾魂眼看到盖诺赛克特们正吐丝制造着什么东西。它们的行为不经意间使得地下的电力系统瘫痪,造成城市的电力短缺。勾魂眼跑回宝可梦中心,找到了小智一行和埃里克,并成功使四人跟随自己返回宝可梦之丘。在那里,天桐发现了一只受伤的拉鲁拉丝并决定带她回宝可梦中心治疗。与此同时,埃里克带领小智和艾莉丝帮助他们从维护入口溜进宝可梦之丘。
在城市某处的超梦获知了宝可梦之丘正在发生的事情,动身前往。而进入公园的小智一行发现了由盖诺赛克特们制造的巨大的虫茧!
注:埃里克解释奥尔塔斯是从阿尔萨斯自然公园(アルサス自然公园)移植到新托克市(现实中的纽约市)的宝可梦之丘的。而阿尔萨斯正是现实中法国东北部一地区名,写成日语是アルザス,和新托克市一样,在电影中同样和真实地名相差了一个假名(ザ)。
第二章
正当大家注视着那个巨大虫茧的时候,之前的萌赛特来到小智身边并为自己之前攻击小智一行深表歉意!这只萌萌的古生代宝可梦慢慢走到在附近池塘里漂浮着的奥尔塔斯花旁,解释道这是曾在自己的故乡绽放的花朵。大家很快推测到那个巨大虫茧可能是盖诺赛克特想在新托克市重建的家园。但是它们的行为给城市的电力供应造成麻烦。埃里克跑去了控制室,而小智、艾莉丝、萌赛特和勾魂眼则留下来应对巨大虫茧。
这时,超梦来到现场要求红色盖诺赛克特跟着自己去别处好好谈谈。而红色盖诺赛克特的回应则是冲向超梦,并使用绝招神速。它的攻击命中超梦胸膛并将超梦打飞出去,受到重创的超梦最终被狠狠摔到大楼的墙壁上,似乎失去了意识。
回到宝可梦之丘这边,天桐和被盖诺赛克特驱逐出宝可梦之丘的宝可梦们在一起。其他三只盖诺赛克特开始对“敌人们”愤怒的目光产生畏惧,很快一场混战爆发。正当残酷的战斗进行着,令小智无比惊恐的是,萌赛特居然冲向池塘保护奥尔塔斯。
某处,超梦恢复了意识。这个人造宝可梦立刻冲回宝可梦之丘并最后通牒盖诺赛克特停止这一切。但是很显然,盖诺赛克特们没有这个打算。超梦闭上双眼并开始绽放光芒,在华丽的力量爆发之后,超梦变身成为新的“觉醒姿态”!超梦说道如果不能用言语阻止盖诺赛克特,那么就用力量制服它们。
敌对的盖诺赛克特们变身成高速飞行形态追逐超梦。史前宝可梦们向着超梦不断地发出一次又一次攻击,但是超梦回避了全部攻击。超梦在前面加速飞行,所以红色盖诺赛克特使用神速追赶它。令人吃惊的是,红色盖诺赛克特居然跟不上觉醒超梦的速度!超梦突然出现在红色盖诺赛克特后方,攻击了盖诺赛克特并霸气地宣称道:“我比你更快。”